La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada. La mayor parte de los personajes principales de las dos temporadas anteriores terminan en Panamá, Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado en la Penitenciaría Federal de Sona por cargos de homicidio, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara. Aunque la conspiración no ha culminado, esta temporada cambia por completo el concepto de la serie.

Temporada 3

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